Pada zaman Belanda, desa Bugen Semarang merupakan sebuah kepatihan yang bernama Singosari dengan lurahnya yang bernama Kasma Wijaya adalah sebuah desa yang keadaan social masyarakat dan kesadaran beragama masih sangat rendah, belum ada atau malah sukar ditemukan orang yang mengenal Islam, terlebih – lebih orang yang menjalankan syari'at Islam.

Baru pada tahun 1888 M. Syeikh Abu Yazid yang berasal dari Banjarmasin memperistri Nyai Rohmah, putri dari Kyai Abdur Rosul. Dan oleh lurah Bugen (Kasma Wijaya), Syeikh Abu Yazid diminta untuk pergi ke Bugen dan tinggal disana dengan tujuan untuk berdakwah menyebarkan agama Islam. Langkah awal dari penyebarannya Syekh Abu Yazid mendirikan sebuah masjid yang berasal dari rumah pemberian Kasma Wijaya. Dan masjid itu merupakan masjid pertama yang berada di desa Bugen dan Kyai pertamanya adalah Syeikh Abu Yazid.

Sepeninggalan Syeikh Abu Yazid, imam masjid diganti oleh Kyai Abu Dardak atau lebih dikenal dengan nama H. Syakur, beliau adalah putra dari Syeikh Abu Yazid. Abu Dardak mempunyai putri yang bernama Nyai Khoiriyyah. Setelah wafatnya Abu Dardak tahun 1911 M, Nyai Khoiriyyah dinikahi oleh Kyai Abdur Rosyid, yang berasal dari desa Batursari Sayung Demak yang kemudian menetap di Bugen dan menggantikan Abu Dardak, yang kemudian mendirikan pondok pesantren yang ketika itu belum memiliki nama dan pesantren tersebut bergerak pada pengkajian kitab – kitab kuning dan tasawuf.

Setelah KH. Abdur Rosyid wafat pondok pesantren itu dilanjutkan oleh menantunya yaitu KH. Shodaqoh Hasan yang dinikahkan dengan putrinya Nyai Hikmah dan kemudian pondok pesantren itu diberi nama Al-Irsyad.

Selain pondok pesantren KH Shodaqoh Hasan juga mendirikan sebuah madrasah Diniyyah dan kurikulum yang diberi nama yayasan Al-Wathoniyyah tepatnya pada tahun 1955 M. Dan ketika itu madrasah kurikulum yang ada baru Madrasah Ibtidaiyyah (MI) yang statusnya standar dengan Sekolah Dasar (SD).

Madrasah Diniyyah adalah sebuah sekolah yang dimana dalam sekolah tersebut hanya mengajarkan tentang pelajaran agama. Pelajaran yang diajarkan hamper sama dengan pondok pesantren yaitu kitab kuning, hanya saja pengkajiannya tidak selengkap seperti yang ada di pondok pesantren. Sedangkan Madrasah kurikulum adalah sebuah sekolah yang dimana sekolah tersebut selain mengajarkan tentang pelajaran umum sesuai dengan standar Negara atau yang dianjurkan oleh negara, di sekolah tersebut juga mengajarkan pelajaran agama sebagai penyeimbang dan bekal pengetahuan tentang agama.

Seiring dengan berjalannya waktu dirasakan sekolah Madrasah Ibtidaiyyah saja tidak cukup. Maka pada tahun 1984 didirikan lagi sebuah madrasah yaitu Madrasah Tsanawiyyah Al-Wathoniyyah (MTs Al-Wathoniyyah) yang statusnya standar dengan sekolah menengah pertama (SMP). Dalam madrasah ini mata pelajaran yang diajarkan sama seperti Madrasah Ibtidaiyyah yaitu umum dan Agama, hanya saja tingkatan pelajaran yang diajarkan lebih tinggi atau lebih luas pembahasannya.

Pada Tahun 1988 M KH Sodaqoh Hasan wafat kemudian diteruskan oleh putranya yaitu KH Ahmad Haris Shodaqoh. Melihat perkembangan yang terjadi di yayasan Al-Wathoniyyah dan pondok pesantren yang semakin meningkat, maka KH Ahmad Haris Shodaqoh membagi tugas dengan adiknya yaitu KH.Ubaidullah Shodaqoh, S.H untuk mengurus atau memegang yayasan Al-Wathoniyyah sedangkan KH Haris Shodaqoh sendiri lebih menfokuskan pada pondok pesantren.

Setelah perombakan pemegang yayasan Al-Wathoniyyah maka pada tahun 2003 M, KH. Ubaidullah Shodaqoh, S.H mendirikan kembali sebuah madrasah yaitu Madrasah Aliyah Keagamaan (MAK). Madrasah ini standar dengan Sekolah Menengah Atas (SMA), yang dimana Madrasah Aliyah ini berbeda dengan Madrasah Aliyah lainnya, karena dalam madrasah ini meskipun sama – sama mengajarkan agama, tetapi di madrasah ini pelajaran agamanya lebih dikhususkan, hampir sama dengan Madrasah Diniyyah.